123RF
Nie tylko SARS-CoV-2
Autor: Monika Stelmach
Data: 15.07.2021
Źródło: Komisja Europejska/CORDIS
| Tagi: | TransWNV, wirus Zachodniego Nilu, mRNA |
Pandemia koronawirusa uwydatniła fakt, że choroby zakaźne przenoszone są przez dzikie zwierzęta i stanowią poważne wyzwanie dla zdrowia na całym świecie. Naukowcy przypominają, że nadal nie poradziliśmy sobie z wirusami, które są obecne od wielu lat.
Wirus Zachodniego Nilu (ang. West Nile Virus, WNV), przenoszony przez ptaki, jest główną przyczyną wirusowego zapalenia mózgu na świecie. Na początku XXI wieku okazało się, że występuje endemicznie w kilku krajach Europy, m.in. we Włoszech i Hiszpanii.
Od 2011 do 2019 roku w Europie wykryto 3549 przypadków zakażenia WNV u ludzi, przy czym szczyt zachorowań przypadł na 2018 rok. Obecnie wirus rozprzestrzenia się na północ. Nowe przypadki opisano w Niemczech w 2018 roku i w Niderlandach w 2020 roku. Dostępne jest unijne narzędzie służące do śledzenia rozprzestrzeniania się WNV.
Latem 2020 roku w Hiszpanii doszło do wybuchu epidemii WNV, będącej największym ogniskiem choroby przenoszonej przez komary w Hiszpanii od czasu zwalczenia malarii w 1964 roku. Celem projektu TransWNV było lepsze zrozumienie dynamiki rozprzestrzeniania się WNV poprzez określenie reakcji różnych gatunków ptaków na zakażenie tym wirusem.
– Patrząc na te liczby, należy wziąć pod uwagę, że u 80 proc. zakażonych osób nie występują żadne objawy, u 20 proc. rozwija się ich pewna forma, a u znacznie mniejszego odsetka na poziomie 1–2 proc. choroba przybiera ciężki przebieg. Liczba osób narażonych na kontakt z wirusem jest więc znacznie większa – wyjaśnia główna badaczka projektu María José Ruiz-López.
Komunikaty zawarte w DNA
Ekspresja genów jest ściśle regulowanym procesem, który pozwala reagować na zmieniające się warunki. – Badanie tego, które geny ulegają ekspresji w większym lub mniejszym stopniu lub nawet są włączane i wyłączane, pomaga nam zrozumieć, w jaki sposób organizm reaguje na zmianę sytuacji – dodaje Ruiz-López.
Projekt TransWNV koncentrował się na transkrypcji i transkryptomie, czyli zbiorze całego RNA danego osobnika lub narządu. Analizując transkryptom, można określić, które geny ulegają ekspresji i w jakim stopniu.
– Jeśli jakiś gen nie jest obecny w niektórych próbkach, natomiast jest obecny w innych, można założyć, że jest on wyłączany/włączany. Jeśli ma wiele kopii w niektórych próbkach i bardzo mało kopii w innych, można również założyć, że jego ekspresja zmienia się w określonych warunkach – w tym przypadku, gdy osobnik jest zakażony lub nie. W ramach tego badania poprzez porównanie transkryptomów osobników zakażonych i niezakażonych WNV możemy wskazać, które geny są aktywowane w odpowiedzi na zakażenie – mówi hiszpańska badaczka.
Wartościowy element układanki
Badacze ustalili, że u trzech gatunków ptaków występuje różna podatność na WNV: u wróbli zakażenie może prowadzić do śmierci, podczas gdy europejskie turkawki i przepiórki okazały się bezobjawowymi nosicielami. – Potwierdziły to dane, w których stwierdziliśmy ekspresję różnych genów zaangażowanych w różne etapy odpowiedzi immunologicznej – zauważa Ruiz-López.
Zrozumienie dynamiki zakażeń u różnych gatunków oraz uzyskanie informacji na temat tego, które gatunki są bardziej prawdopodobnymi nosicielami, może pozwolić na określenie obszarów, gdzie ryzyko zakażenia ludzi jest wyższe.
– Epidemiologia WNV jest bardzo złożoną kwestią i zależy również od obecnego gatunku komarów oraz innych czynników środowiskowych. Najlepszym sposobem na ograniczenie przenoszenia się choroby na ludzi jest zapobieganie rozmnażaniu się komarów na zaludnionych obszarach oraz odpowiedni nadzór w obszarach wysokiego ryzyka – stwierdza María José Ruiz-López.
Od 2011 do 2019 roku w Europie wykryto 3549 przypadków zakażenia WNV u ludzi, przy czym szczyt zachorowań przypadł na 2018 rok. Obecnie wirus rozprzestrzenia się na północ. Nowe przypadki opisano w Niemczech w 2018 roku i w Niderlandach w 2020 roku. Dostępne jest unijne narzędzie służące do śledzenia rozprzestrzeniania się WNV.
Latem 2020 roku w Hiszpanii doszło do wybuchu epidemii WNV, będącej największym ogniskiem choroby przenoszonej przez komary w Hiszpanii od czasu zwalczenia malarii w 1964 roku. Celem projektu TransWNV było lepsze zrozumienie dynamiki rozprzestrzeniania się WNV poprzez określenie reakcji różnych gatunków ptaków na zakażenie tym wirusem.
– Patrząc na te liczby, należy wziąć pod uwagę, że u 80 proc. zakażonych osób nie występują żadne objawy, u 20 proc. rozwija się ich pewna forma, a u znacznie mniejszego odsetka na poziomie 1–2 proc. choroba przybiera ciężki przebieg. Liczba osób narażonych na kontakt z wirusem jest więc znacznie większa – wyjaśnia główna badaczka projektu María José Ruiz-López.
Komunikaty zawarte w DNA
Ekspresja genów jest ściśle regulowanym procesem, który pozwala reagować na zmieniające się warunki. – Badanie tego, które geny ulegają ekspresji w większym lub mniejszym stopniu lub nawet są włączane i wyłączane, pomaga nam zrozumieć, w jaki sposób organizm reaguje na zmianę sytuacji – dodaje Ruiz-López.
Projekt TransWNV koncentrował się na transkrypcji i transkryptomie, czyli zbiorze całego RNA danego osobnika lub narządu. Analizując transkryptom, można określić, które geny ulegają ekspresji i w jakim stopniu.
– Jeśli jakiś gen nie jest obecny w niektórych próbkach, natomiast jest obecny w innych, można założyć, że jest on wyłączany/włączany. Jeśli ma wiele kopii w niektórych próbkach i bardzo mało kopii w innych, można również założyć, że jego ekspresja zmienia się w określonych warunkach – w tym przypadku, gdy osobnik jest zakażony lub nie. W ramach tego badania poprzez porównanie transkryptomów osobników zakażonych i niezakażonych WNV możemy wskazać, które geny są aktywowane w odpowiedzi na zakażenie – mówi hiszpańska badaczka.
Wartościowy element układanki
Badacze ustalili, że u trzech gatunków ptaków występuje różna podatność na WNV: u wróbli zakażenie może prowadzić do śmierci, podczas gdy europejskie turkawki i przepiórki okazały się bezobjawowymi nosicielami. – Potwierdziły to dane, w których stwierdziliśmy ekspresję różnych genów zaangażowanych w różne etapy odpowiedzi immunologicznej – zauważa Ruiz-López.
Zrozumienie dynamiki zakażeń u różnych gatunków oraz uzyskanie informacji na temat tego, które gatunki są bardziej prawdopodobnymi nosicielami, może pozwolić na określenie obszarów, gdzie ryzyko zakażenia ludzi jest wyższe.
– Epidemiologia WNV jest bardzo złożoną kwestią i zależy również od obecnego gatunku komarów oraz innych czynników środowiskowych. Najlepszym sposobem na ograniczenie przenoszenia się choroby na ludzi jest zapobieganie rozmnażaniu się komarów na zaludnionych obszarach oraz odpowiedni nadzór w obszarach wysokiego ryzyka – stwierdza María José Ruiz-López.
