123RF
Opracowano najszybszą metodę sekwencjonowania genomu koronawirusa
Autor: Marta Koblańska
Data: 04.01.2021
Źródło: Nature Communications
Działy:
Aktualności w Koronawirus
Aktualności
Nowa technologia może się przyczyniać do pozyskiwania kluczowej informacji o powiązaniach między kolejnymi infekcjami.
Chodzi o pracę naukowców Garvan Institute of Medical Research oraz Kirby Institute na UNSW w Sydney w Australii. Opublikowane w „Nature Communications” wytyczne dotyczą sekwencjonowania SARS-CoV-2 z wykorzystaniem technologii firmy Oksford Nanopore.
– Za każdym razem, kiedy wirus jest przekazywany od osoby do osoby, popełnia błędy w powielaniu, które zmieniają kilka z jego 30 tys. znaków genetycznych. Poprzez identyfikację tych genetycznych wariacji jest możliwe ustanowienie związku między infekcjami, czyli od kogo nastąpiło zakażenie i komu może być przekazane – powiedziała główna autorka pracy prof. Rowena Bull z Kirby Institute.
Prof. Bull wskazuje, że testy genetyczne są kluczowe do śledzenia transmisji wirusa w sytuacjach, kiedy źródło infekcji pozostaje niejasne. – Dzięki rekonstrukcji historii ewolucji wirusa lub jego drzewa genealogicznego możemy zrozumieć zachowania, które pomagają w jego rozprzestrzenianiu oraz w identyfikacji tzw. superrozrzucaczy – dodała prof. Bull. – Kiedy nowy przypadek tajemniczego koronawirusa zostaje zidentyfikowany, każda minuta ma znaczenie – podkreśliła dr Ira Deveson z Gravan.
Po raz pierwszy metodę Nanopore do nadzoru genetycznego SARS-CoV-2 zastosowano w Gravan w Australii. Obecnie złotym standardem jest krótkie genetyczne sekwencjonowanie, czyli czytanie 100-150 znaków. Technologie Nanopore nie mają ograniczenia długości fragmentów DNA i są w stanie szybciej określać pełną sekwencję genomu wirusa.
Badacze w swojej pracy rozwiali też wątpliwości dotyczące dokładności technologii. Jak piszą, poszczególne warianty szczepów były wykrywane z 99 -procentową czułością i 99-procentową precyzją u 157 pacjentów z pozytywnymi wynikami na obecność SARS-CoV-2. Dlatego też naukowcy przedstawiają wytyczne dotyczące najlepszej praktyki, mając nadzieję, że przyczynią się one do promocji tej technologii wśród innych zespołów, tym bardziej że niezbędne do jej stosowania urządzenia są tańsze, szybsze i nie wymagają infrastruktury laboratoryjnej potrzebnej w wypadku dotychczas standardowo wykorzystywanych narzędzi.
– Za każdym razem, kiedy wirus jest przekazywany od osoby do osoby, popełnia błędy w powielaniu, które zmieniają kilka z jego 30 tys. znaków genetycznych. Poprzez identyfikację tych genetycznych wariacji jest możliwe ustanowienie związku między infekcjami, czyli od kogo nastąpiło zakażenie i komu może być przekazane – powiedziała główna autorka pracy prof. Rowena Bull z Kirby Institute.
Prof. Bull wskazuje, że testy genetyczne są kluczowe do śledzenia transmisji wirusa w sytuacjach, kiedy źródło infekcji pozostaje niejasne. – Dzięki rekonstrukcji historii ewolucji wirusa lub jego drzewa genealogicznego możemy zrozumieć zachowania, które pomagają w jego rozprzestrzenianiu oraz w identyfikacji tzw. superrozrzucaczy – dodała prof. Bull. – Kiedy nowy przypadek tajemniczego koronawirusa zostaje zidentyfikowany, każda minuta ma znaczenie – podkreśliła dr Ira Deveson z Gravan.
Po raz pierwszy metodę Nanopore do nadzoru genetycznego SARS-CoV-2 zastosowano w Gravan w Australii. Obecnie złotym standardem jest krótkie genetyczne sekwencjonowanie, czyli czytanie 100-150 znaków. Technologie Nanopore nie mają ograniczenia długości fragmentów DNA i są w stanie szybciej określać pełną sekwencję genomu wirusa.
Badacze w swojej pracy rozwiali też wątpliwości dotyczące dokładności technologii. Jak piszą, poszczególne warianty szczepów były wykrywane z 99 -procentową czułością i 99-procentową precyzją u 157 pacjentów z pozytywnymi wynikami na obecność SARS-CoV-2. Dlatego też naukowcy przedstawiają wytyczne dotyczące najlepszej praktyki, mając nadzieję, że przyczynią się one do promocji tej technologii wśród innych zespołów, tym bardziej że niezbędne do jej stosowania urządzenia są tańsze, szybsze i nie wymagają infrastruktury laboratoryjnej potrzebnej w wypadku dotychczas standardowo wykorzystywanych narzędzi.
