Omics Data Science – impuls dla rozwoju bioinformatyki i omiki w Polsce
Redaktor: Karolina Gawarzewska
Data: 04.10.2021
Już 81 specjalistów ukończyło kurs „Omics Data Science – bioinformatyka i analiza wielkoskalowych danych biomedycznych”. Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego (ICM) oraz Instytut Matki i Dziecka (IMiD) planują kolejne edycje kształcenia dla lekarzy, informatyków, a także absolwentów innych nauk ścisłych.
Uroczyste wręczenie świadectw, wystąpienia wykładowców i absolwentów oraz podsumowanie dwóch edycji kursu „Omics Data Science – bioinformatyka i analiza wielkoskalowych danych biomedycznych” odbędzie się 8 października 2021 r., w godz. 10–14, w Centrum Technologii ICM (ul. Kupiecka 32, Warszawa). Wydarzenie będzie transmitowane online.
– Bioinformatyka nierozerwalnie związana jest z rozwojem technik stosowanych w genetyce człowieka (genomice) oraz – patrząc szerzej – innych technik omicznych (transkryptomiki, proteomiki i metabolomiki itp.) i staje się jednym z kluczowych działów nauki, a także drogą do dalszego postępu medycyny, dzięki zwiększaniu możliwości przetworzenia niemożliwych dotychczas do zinterpretowania danych na wynik diagnostyczny. Z tego powodu jednym z celów ponadnarodowego projektu dofinansowanego ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego „Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka” było opracowanie i wdrożenie, przy wykorzystaniu doświadczeń Katolickiego Uniwersytetu w Leuven, ICM oraz IMiD, podyplomowego kursu bioinformatycznego, który umożliwiłby kształcenie interdyscyplinarnych kadr i jednocześnie stanowiłby impuls do przyspieszenia rozwoju bioinformatyki w Polsce. W Instytucie Matki i Dziecka wdrażane są unikalne metody diagnostyki i techniki laboratoryjne z zakresu genetyki laboratoryjnej, w tym analizy oparte na zastosowaniu wysokoprzepustowego sekwencjonowania kwasów nukleinowych – mówi kierownik projektu Mariusz Chrzanowski, pełnomocnik dyrektora ds. pozyskiwania funduszy w Instytucie Matki i Dziecka.
Użycie najnowocześniejszych i najwydajniejszych technik molekularnej diagnostyki w Polsce zwiększa możliwości skutecznego diagnozowania i leczenia chorób w obrębie większości dziedzin medycyny, a w szczególności pediatrii i neonatologii, onkologii, neurologii, ginekologii czy kardiologii. Przy zastosowaniu nowoczesnego sprzętu i metod analizy kwasów nukleinowych generowane są ogromne ilości danych, do których przetworzenia i wstępnej analizy stają się niezbędne osoby specjalizujące się w zakresie analiz bioinformatycznych.
Zainteresowanie kursem „Omics Data Science – bioinformatyka i analiza wielkoskalowych danych biomedycznych” prowadzonym w ICM przerosło wyobrażenia partnerów projektu, którzy współtworzyli przedsięwzięcie (ICM i IMiD). Dwie edycje kursu ukończyło 81 specjalistów – m.in. lekarzy, informatyków, biologów, chemików i inżynierów. Każdorazowo liczba zgłoszeń była wielokrotnie większa niż liczba miejsc. Planowane są kolejne edycje kursu oraz nowe ścieżki edukacyjne.
– Ten wymagający zaangażowania 200-godzinny kurs złożony jest z dwóch części. Pierwsza to bardzo szczegółowe wykłady i zajęcia praktyczne z bioinformatyki, skupiające się na językach programowania Python oraz R, a także na zastosowaniu narzędzi Big Data w analizach omicznych czy modelowaniu Deep Learning w badaniach biomedycznych. Drugą część kursu stanowi szeroki zestaw wykładów oraz zajęć praktycznych z omiki, tzn. uczymy praktycznego wykorzystania analiz wysokoprzepustowych w genomice, epigenomice, transkryptomice, proteomice, metagenomice i metabolomice. Rozwiązujemy z uczestnikami kursu zagadnienia naukowe poprzez zintegrowane stosowanie komplementarnych wobec siebie technik omicznych. Duże grono naszych słuchaczy stanowią naukowcy oraz pracownicy specjalistycznych laboratoriów, co obliguje nas do ciągłej aktualizacji naszego programu nauczania. Ponadto uczestnicy kursu mają możliwość porównania wyuczonych metod informatycznych z ich komercyjnymi odpowiednikami. Współpracujemy z międzynarodowym koncernem Illumina w zakresie analizy genomicznej, a także z Systems Biology Institute Tokio, wykorzystując i rozwijając platformę Garuda – multinarzędzie do analizy danych naukowych. Na potrzeby kursu wykorzystujemy również infrastrukturę obliczeniową Centrum Technologii ICM – mówi kierownik kursu dr Catherine Suski-Grabowski z Interdyscyplinarnego Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego UW.
– Bioinformatyka nierozerwalnie związana jest z rozwojem technik stosowanych w genetyce człowieka (genomice) oraz – patrząc szerzej – innych technik omicznych (transkryptomiki, proteomiki i metabolomiki itp.) i staje się jednym z kluczowych działów nauki, a także drogą do dalszego postępu medycyny, dzięki zwiększaniu możliwości przetworzenia niemożliwych dotychczas do zinterpretowania danych na wynik diagnostyczny. Z tego powodu jednym z celów ponadnarodowego projektu dofinansowanego ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego „Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka” było opracowanie i wdrożenie, przy wykorzystaniu doświadczeń Katolickiego Uniwersytetu w Leuven, ICM oraz IMiD, podyplomowego kursu bioinformatycznego, który umożliwiłby kształcenie interdyscyplinarnych kadr i jednocześnie stanowiłby impuls do przyspieszenia rozwoju bioinformatyki w Polsce. W Instytucie Matki i Dziecka wdrażane są unikalne metody diagnostyki i techniki laboratoryjne z zakresu genetyki laboratoryjnej, w tym analizy oparte na zastosowaniu wysokoprzepustowego sekwencjonowania kwasów nukleinowych – mówi kierownik projektu Mariusz Chrzanowski, pełnomocnik dyrektora ds. pozyskiwania funduszy w Instytucie Matki i Dziecka.
Użycie najnowocześniejszych i najwydajniejszych technik molekularnej diagnostyki w Polsce zwiększa możliwości skutecznego diagnozowania i leczenia chorób w obrębie większości dziedzin medycyny, a w szczególności pediatrii i neonatologii, onkologii, neurologii, ginekologii czy kardiologii. Przy zastosowaniu nowoczesnego sprzętu i metod analizy kwasów nukleinowych generowane są ogromne ilości danych, do których przetworzenia i wstępnej analizy stają się niezbędne osoby specjalizujące się w zakresie analiz bioinformatycznych.
Zainteresowanie kursem „Omics Data Science – bioinformatyka i analiza wielkoskalowych danych biomedycznych” prowadzonym w ICM przerosło wyobrażenia partnerów projektu, którzy współtworzyli przedsięwzięcie (ICM i IMiD). Dwie edycje kursu ukończyło 81 specjalistów – m.in. lekarzy, informatyków, biologów, chemików i inżynierów. Każdorazowo liczba zgłoszeń była wielokrotnie większa niż liczba miejsc. Planowane są kolejne edycje kursu oraz nowe ścieżki edukacyjne.
– Ten wymagający zaangażowania 200-godzinny kurs złożony jest z dwóch części. Pierwsza to bardzo szczegółowe wykłady i zajęcia praktyczne z bioinformatyki, skupiające się na językach programowania Python oraz R, a także na zastosowaniu narzędzi Big Data w analizach omicznych czy modelowaniu Deep Learning w badaniach biomedycznych. Drugą część kursu stanowi szeroki zestaw wykładów oraz zajęć praktycznych z omiki, tzn. uczymy praktycznego wykorzystania analiz wysokoprzepustowych w genomice, epigenomice, transkryptomice, proteomice, metagenomice i metabolomice. Rozwiązujemy z uczestnikami kursu zagadnienia naukowe poprzez zintegrowane stosowanie komplementarnych wobec siebie technik omicznych. Duże grono naszych słuchaczy stanowią naukowcy oraz pracownicy specjalistycznych laboratoriów, co obliguje nas do ciągłej aktualizacji naszego programu nauczania. Ponadto uczestnicy kursu mają możliwość porównania wyuczonych metod informatycznych z ich komercyjnymi odpowiednikami. Współpracujemy z międzynarodowym koncernem Illumina w zakresie analizy genomicznej, a także z Systems Biology Institute Tokio, wykorzystując i rozwijając platformę Garuda – multinarzędzie do analizy danych naukowych. Na potrzeby kursu wykorzystujemy również infrastrukturę obliczeniową Centrum Technologii ICM – mówi kierownik kursu dr Catherine Suski-Grabowski z Interdyscyplinarnego Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego UW.
